生信修炼手册 / 待分类 / 想进行ATAC实战分析却苦于没有实际数据,...

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2020-02-12  七彩娱乐平台登入

本文地址:http://p57.o068.com/content/20/0212/00/68068867_891552288.shtml
文章摘要:sun873.com,可以留下正站在时空隧道 道尘子旺旺大本营。

对于数据分析而言,实战操作是最佳的学习方式。在自己没有测序数据的情况下,可以从公共数据库中寻找我们需要的数据集。最为广泛使用的公共数据库包括GEO, TCGA, Encode等等,这些数据库称得上包罗万象,囊括了各种组学的数据。在没有实际数据集的情况下,都可以上这些数据库来找一找。

除了这些包罗万象的数据库之外,还有一些数据库,针对某一类型的数据集进行收集整理,其提供的数据集更加具有针对性。本文我们的主角就是一个专注表观修饰的数据库,Cistrome 。

该数据库的网址如下

http://www.5f3.www-51tyc.com/db/#/

对应的文章发表在Nucleic Acids Research杂志上,链接如下

http://www.464.o018.com/nar/article/47/D1/D729/5193328

收录了以下3种类型的测序数据

  1. chip_seq

  2. DNase_seq

  3. ATAC_seq

该数据库最大的亮点在于提供了一个标准化的分析结果模板, 整个分析结果包含了下图所示的3大内容

除了检索之外,该数据库还有很多的功能,更多的用法请参考官方文档。

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